回到巴黎，依纳爵听到了许多关于他与卡塞雷斯和佩拉特有关的谣言，并得知异端裁判所要传唤他。他主动去见了检察官，请求检察官迅速了结此事。因为他想结束所有的事情，在即将到来的圣雷米吉乌斯的庆日上开始他的艺术课程，以便安心读书。检察官告诉他，确实有人对他提出了一些控诉，但控诉已经结束，不会再传唤他了。

10月1日，也就是圣雷米吉乌斯庆日，依纳爵开始了他的文艺课程，他的老师是约翰·佩格纳（John Pegna）。同时，他希望能够培育一些圣召。当他上哲学课时，遭遇了在巴塞罗那学习拉丁语法时的同样诱惑。在听课时，许多的属灵的思想纷至沓来，以至于他无法专心聆听。他看到这样下去进步很小，因此，便去见老师，向老师承诺只要他能找到足够的面包和水来维持他的生命，就决不旷课。在作出这一承诺后，诱惑消失了。

那时，他与法伯尔（Peter Faber）和沙勿略（Francis Xavier）成为了朋友。他通过带领他们做神操，使他们完全归向了天主，走上了侍奉天主的道路。

在过去的几年里，他没有像最初那样受到别人的迫害。有一天，弗拉格斯（Fragus）博士对依纳爵说：“竟然没有人骚扰你，对此我感到很惊讶”依纳爵回答说：“这是因为我不向人讲论天主的事了。但当课程结束后，我们要重拾以前的习惯。”

正当他们谈话时，一位会士来找弗拉格斯帮忙，因为一个房子里有许多尸体，会士认为这些人可能死于瘟疫。那时，瘟疫开始在巴黎蔓延。弗拉格斯和依纳爵想去看看这座房子，并请了一位非常擅长检测瘟疫的女士帮忙。她进屋后回答说，这一定是瘟疫。屋内有一个病人，依纳爵也进了屋，想要安慰病人。当他的手触摸了病人的伤口后，便独自默默地离开了。离开后，他的手开始剧痛起来，似乎感染了瘟疫。他心中充满了恐惧，怎么也无法赶走它。他鼓起勇气把手指放在嘴里，让手指在嘴里停留了很长一段时间，自言自语道：“如果你手上有瘟疫，你嘴里也会有瘟疫。”话一说完，恐惧便消失了，手也不痛了。

当他回到圣巴巴拉学院时，因为他进入了一所感染瘟疫的房子，所以被禁止进入当时居住的圣巴巴拉学院，他不得不在学校外面住了几天。

在巴黎，为了获得学士学位，按着惯例，学习哲学的人要在第三年要接受佩特拉。大多数穷学生都无法办到，因为这需要很大一笔钱。依纳爵为此犹豫不决，于是他让老师来决定此事。老师建议他接受，他遂按着老师的建议做了。依纳爵对此没有半点抱怨。一个西班牙商人特别记录了此事。