依纳爵严厉谴责了船上的一些放荡行为。有一个西班牙人建议他不要这样做，因为很多人想把他遗弃一个岛上。但风很快把他们带到了塞浦路斯。他们又从塞浦路斯前往另一个距离塞浦路斯十英里，名为萨利纳（Salinae）的港口。在这里，朝圣者登上了另一条船，他除了对天主的仰望之外，没有带任何食粮。在这次航行中，天主经常显现给他，给了他极大的安慰。他好像看见一个圆形且很大的金黄色的东西。朝圣者们来到了约培（Joppa），按照当地的习俗，需坐在驴上，前往耶路撒冷。当他们看到耶路撒冷时，一位名叫迪达库斯·米内斯（Didacus Minez）的西班牙贵族建议大家最好收敛心神默默地前行。

所有人都听从了他的建议，当他们看到一个会士，手拿着十字架走近时，他们立即从驴上下来。当他们看到耶路撒冷城时，依纳爵大为感动，其他人都表示他们经历了一种天堂般的快乐。每当他参观城内的每一处圣地时，他总是有相同的感动。他决定留在耶路撒冷，以便经常访问圣地。为此，他带了一封推荐信交给了圣地的守护者们。在向他们介绍自己时，他表示，为了侍奉天主他打算留在圣地，但没有提及他准备帮助人灵的愿望。圣地的护守者回答，这事不可能实现，因为房子过于狭窄，连会士们都容不下，为此他们有意遣送几位会士同朝圣者们一同回西方去。朝圣者回答，除了他有时来办告解希望有人听他的告解以外，他对会院的房屋一无所求。护守者回答，这是可以做到的，不过须等在伯利恒的省会长回来再说。

这种许诺使朝圣者放心了，他于是开始给巴塞隆纳的一些热心人士写信。他已经写了一封，正在写第二封时，省会长派人来叫他；省会长亲切地向他说：他听说了他留在圣地的决心，并对此做了认真的思考；但根据他的经验，认为这事不能实现；因为好多有过同样愿望的人，有的死了，有的被俘，而他修会的工作就是解救俘虏；所以他建议依纳爵当准备次日同其他朝圣者一起继续他们的旅程。朝圣者回答说，他心意已决，任何事情都不能阻挡他留下来，只要留下来不是犯罪，什么恐惧也不能使他改变初衷。于是省会长向朝圣者说，他已由宗座领得了权柄，可按他的判断命人离去或留下，并能将拒绝服从者开除教籍。当省会长要出示文件，证明教宗授予他的权力时，依纳爵表示没有必要，因为他相信省会长的话是真的。

此后，他回到了自己的住处。他想既然天主圣神不让他留在圣地，他渴望在离开之前再次拜访橄榄山。在那座山上有一块岩石，我们的主从那里升天时，把他的足迹印在了那块石头上。主的足迹至今仍清新可见。他希望回去再看一眼主的足迹。他没有告诉任何人，也没有向导，偷偷地返回了橄榄山。在当时，如果没有土耳其卫兵做向导是非常危险的。守卫不许他进入，他把他的刀送给了他们，才让他进去。他在那里祈祷了一会，得了极大的神慰后，他想去贝特法革。当他到达贝特法革时，突然想起他没有注意到我们的主的右脚和左脚的位置。他又再次返回橄榄山，这次他把他的剪刀送给了守卫。

修道院的人发现他在没有向导的情况下离开时，就派人到处找他。当他从橄榄山下来时，他遇到了一个正在寻找他的基督徒。这个基督徒腰上绑着腰带，这个腰带一定是为了把自己与穆斯林区别开。这个人假装很生气，用一根大棒威胁他，并死死地抓住他的胳膊。他没有反抗，如俘虏一样，任凭这个人牵着他走，直到修院。在这期间，他感到了极大的安慰，因为他似乎看到基督在他上方行走。