他的四个同伴早已去了萨拉曼卡。依纳爵一到萨拉曼卡便去教堂祈祷。当他在祈祷时，一位热心的妇女认出了依纳爵，并把他带到了他的同伴那里。在他们抵达萨拉曼卡后大约十到十二天，依纳爵向一位多明我会士办了告解。那位会士邀请他星期日来修院吃晚饭，因为一些会士想要看看他。依纳爵以天主的名义接受了邀请。会士补充道，会士们可能会向他提出许多问题。

星期日，按照约定，依纳爵与卡利斯托一同来到了多明我修院。晚餐结束后，会长和其他会士领依纳爵进入一个小圣堂。会长极力赞扬了依纳爵的使徒般热性，希望能更详细地听他的宣讲。他们首先问及了依纳爵的学历。依纳爵回答说，他花在学习上的时间比他的同伴多，但他的知识并不广泛，因为他从未打下坚实的基础。一个会士打断依纳爵的话说：“那么，你为什么讲道？”依纳爵回答说：“我们不讲道。我们只是习惯性地同一些人友好地谈谈天主的事而已，就如饭后与请我们吃饭的主人谈话一样。”

“你们谈哪些天主的事？这正是我们想要知道的关键。”那个会士继续问道。依纳爵答道：“关于德行和毛病，努力灌输对德行的热爱和对毛病的厌恶。”那个会士说：“这怎么可能！你们这些没有学问的人竟敢谈论德行和毛病？除非一个人拥有学识，或者受到了圣神的光照，否则没有人能做这样的工作。你承认自己没有学问，因此是圣神在引导你了。所以，我们希望了解圣神对你启示了什么。”

依纳爵起初没有回答，因为他觉得这样的推理毫无价值。然而，很快，他打破了沉默说，他似乎没有理由对这个问题说更多。当那个会士以许多人再次相信伊拉斯谟（Erasmus）和其他人的错误教导为理由，一再向依纳爵施压时，依纳爵回答说：“神父，除非那些有权要求我解释的人外，我不会再多说什么了。”

在本次谈话之前，会士们想知道为什么卡利斯托穿着如此奇怪。因为尽管他身材高大，却穿着一件非常短的斗篷；他几乎光着半截腿，手里拿着一根手杖，戴着一顶巨大的帽子。整个着装看起来非常滑稽可笑。依纳爵回答说，尽管在阿尔卡拉，他们被命令穿成其他学生的样子，但卡利斯托还是慷慨地把他的衣服送给了一位贫穷的神父。于是会士嘟嘟囔囔地表示不满说：“爱德始于自身啊！”

回到以前的叙述。当那个会士看到依纳爵不想再说的决心时，他说：“你必须留在这里。我们很容易找到办法让你说出一切的。”所有的会士立即退出，副院长表示依纳爵要留在小圣堂内。这件事随后提交法官审理。依纳爵和卡利斯托在修道院里住了三天。在法官做出判决之前，他们与会士们一起吃饭。在这段时间里，常有会士探访他们，依纳爵总是以他惯用的方式与他们交谈。这导致会士们对依纳爵的看法出现分歧，以至于许多会士开始对他们产生了好感。

到了第三天，一位公证人把他们带到监狱中。虽然他们并没有和普通犯人一起关押，但他们的牢房却非常令人恶心。牢房中央有一根柱子，柱子上系着一条几英尺长的链子，链子牢牢地锁在他们身上，当任何一方移动时，另一方必须跟着移动。那天晚上他们没有睡觉。第二天，他们成为囚犯的消息传开了，人们赶紧为他们提供所需的一切。依纳爵虽然被囚，但仍能可以与前来看望他的人谈论天主的事。

他们二人被一位修士分开审问。依纳爵将他所写的《神操》手稿都交了出来，让教会审查。当被问及其他的同伴时，他告诉了他们的名字和住处。他们也被捕了，但没有和依纳爵关在一起。尽管有人想要向依纳爵提供帮助，依纳爵拒绝了。

几天后，依纳爵被带到法官和教授面前。他们问了他许多问题。有的是关于《神操》的，有的是关于信仰的，如三位一体、圣体等。他的解释非常清晰和准确，法官没有找到任何错误。那位修士对他提出的一些比较刁难的关于《法典》的问题，他也答得完全正确。当要求他解释天主十诫第一诫时，他给出了如此详尽的解释，致使他们不想再问下去了。

虽然他还没有完成学业，但他能区别思想上的大罪和小罪。他的《神操》受到了密切地询问。然而，对于这些询问，他的回答是：“我所写的要么符合真理，要么不符合真理；如果不符合真理，请你们处罚吧。”他们没有做出任何判决便离开了。

有一天，方济·门多萨（Francis de Mendoza）在一位修士的陪同下来看望依纳爵。这个人后来成了瓦伦西亚的红衣主教。他问依纳爵是否难以忍受监狱里的铁链。依纳爵回答说：“我今天会给一个为我的命运哀叹的女人回信。为了耶稣基督的爱，我愿意戴上萨拉曼卡所有的手铐和铁链。如果你认为这是一种灾祸，这表明你还不想为主的爱而遭受监禁。”

大约在这个时候，监狱里的所有囚犯都成功逃跑了，只剩下依纳爵和他的同伴。这件事使管理监狱的人大受感动，于是把他们从监狱里提出来暂时安置在监狱附近的一座大建筑里。

在他们入狱的第二十二天，他们被传唤去听判决。宣判的结果是：在他们的生活及道理中未发现任何错误，他们可以讲道理和谈论天主的事，但在完成他们四年的学业以前禁止他们断定什么是小罪什么是大罪。