依纳爵大约在1524年的四旬期抵达了巴塞罗那。在巴塞罗那，有两个人愿意在学习上为依纳爵提供帮助。伊莎贝尔·罗瑟女士家境富裕，信仰上热心虔诚。她愿意向依纳爵提供一切生活必须品。阿尔德巴尔是一位老师，他愿意免费为依纳爵授课。

依纳爵在茫莱撒认识一位圣德出众的圣伯尔纳多会会士。为了更好的准备自己帮助人灵，他渴望与这个会士同住在一起。依纳爵答应那两位愿意向他提供帮助的人，只要他在茫莱撒没有人为他提供帮助，他就接受他们的帮助。然而，他当了茫莱撒，发现那个会士已经去世，于是他返回了巴塞罗那，开始学习。

然而，他在学习方面遇到了一些困难。当他学习拉丁语法时，这些语法规则会让他对灵修有新的思想，同时伴随着很大的神慰，以至于他无法把精力用在学习上，也无法记住任何东西。尽管他很努力地克制，仍然无法消除这些思想。但是，他注意到，当他在望弥撒时，不会有这种类思的现象出现，因此他认定这是一种诱惑。在祈祷一会后，他决定请他的老师到海洋圣母堂来，与他谈论此事。依纳爵忠实地向他的老师讲述了他的整个思想状态，以及他为什么在学业上就进步很小的原因。他向老师许下：“我许下，只要能在巴塞罗那找到面包和水，我两年内绝不旷课。”

这个许诺果真有效，这之后依纳爵再也没有经历过这样的诱惑。在学习期间，他在茫莱撒时折磨他的胃痛停止了，事实上，从他动身去耶路撒冷的时候起，胃痛就再也没有困扰过他。

在巴塞罗那学习期间，他希望继续以前的苦行。于是，他在鞋底上打了一个洞，逐渐地使它扩大，最后他的鞋只剩下了上面的部分。

他在巴塞罗那完成了两年的学习，取得了很大的进步。老师认为他已经为学习哲学做好了准备，因此建议他去阿尔卡拉（ Alcala）学习哲学。他又找了一位神学家对他进行测试，这位神学家也给了他同样的建议。他便于1526年独自一人去了阿尔卡拉。