与新教宗的矛盾：

他曾参与2013年教宗选举秘密会议，但当时选出的是自由派的教宗方济各。伯克想发动主教们推翻这个既成事实，但没有成功[5]。

伯克枢机暗批此教宗随从世俗文化，混乱教会教导。方济各对于教会牧养，想法迥异于前任，他爱同性恋、也爱离婚信徒、批判资本主义收入分配问题、反对平庸，决心改革梵蒂冈官僚体系，打破昔日权力结构。

柏克质疑方济各谋划的新路线，他公开表示：「媒体报导感觉，教宗认为我们太爱讲不能堕胎、婚姻应由男女所组成……这些教条，其实，我们怎么强调都不为过。」

本笃十六世过去因避孕问题遭抨击时，柏克热心捍卫，言称教宗权威「就如同使徒彼得」，是教会合一的基础，不只是一介教长。但对于现任教宗，他抱持否定：「很多人觉得失去方向，深刻感觉现在教会像无人掌舵的船。」[6] 

2013年12月伯克发出抵制方济各权威的最强硬表态，他告诉一家天主教电视台，他“不是十分确定究竟是为什么”，教皇“认为我们对堕胎”，以及其他文化冲突的问题“谈论得太多了”。谈到罗马教廷的变化，他抱怨道“近期罗马的生活出现了一种不可预测性”。

12月15日，伯克回到了他少年时待过的，位于威斯康星州斯特拉特福的堂区，举行一场特别的弥撒活动。他戴着高高的主教冠，身着圣诞季传统的粉红色服装，并说起自己生长在一个奶牛农场，但是没有提到方济各或梵蒂冈发生的事，这让一些堂区居民有些失望。参加了弥撒的玛吉·珀斯派海拉(Marge Pospyhalla)说，“我本来希望他会讲。但是没有，我们没有听到这些。”

他的沉默说明了一切。弥撒后的第二天，方济各就把枢机主教伯克从主教部开除了[7]，并用一名更温和的枢机主教取而代之。同时在此位被调职的还有另外13名主教，柏克数日后接受天主教广播机构EWTN访问时，随即公开批评方济各[8]。

属强硬保守派的柏克，是公开反对改革天主教教义对离婚及其他家庭问题态度的五名枢机之一。2014年10月初梵蒂冈世界主教会议，教宗表示要接纳同性恋、离婚等不见容于传统教会的信徒，柏克立刻表示反对，重申同性恋关系是「本质上的错乱」（intrinsic disorder，intrinsically disordered）危害极深，孩童绝不能接触，亲人则必须尽力矫正[6]。

并向传媒批评教宗作为教会领导人，不应随意改变教会有关同性恋和婚姻的教义，更形容同性恋行为「错误和邪恶」[8]。关于会议中离婚并再婚的天主教徒可否领圣体的问题，三位有份参加主教会议的枢机于依纳爵出版社十月一日出版的《留在基督真理中》（Remaining in the Truth of Christ）撰文回应卡斯珀，伯克枢机提醒，纵使由教宗及卡斯珀枢机所提出，惟任何有关处理婚姻无效的改革，均不可以因过分简化司法程序而牺牲公义，因为申请婚姻无效的信徒应该得到「完全尊重真理，亦属宽容」的决定。[12]

柏克后来多次受访，要求教会持守传统仪式、教导、道德，更不可改动教义要理（《教理问答》内容），他强调自己不是带头反对改革，而是外界误解教宗所说的「走出教会拥抱人群」，是要追逐世俗文化，教会因而失去自信，不知该如何教导信德、或是教会生活[6]。

2014年11月8日，他被教宗方济各从梵蒂冈最高法院院长免职，而委任为耶路撒冷、罗得岛和马耳他圣若望主权军事医院骑士团总监，这只是一个荣誉性的职位，这种无实权的礼仪职务，通常授予75岁以上届龄退休的枢机主教，从此远离左右决策的权力核心，柏克当时却只有66岁[6]。而原职位则由多明尼克·弗朗索瓦·约瑟夫·曼玻第枢机出任[3]。

教廷于2015年9月26日宣布，教皇方济各将伯克和博洛尼亚总主教卡罗·卡法拉（ Carlo Caffarra）分配给了封圣部。这意味着伯克回到了罗马的法庭，他从2013年12月被删除。[23]

2016年9月19日，伯克枢机联同三位枢机（Walter Brandmüller、Carlo Caffarra、Joachim Meisner）正式上书教宗方济各请求澄清《Amoris Laetitia》若干神学问题（Dubia）[14]，但教宗至今未正式给予他们答复，只不点名地对他们反以批评。伯克枢机后来表示如果没有回应，枢机们必须正式纠正这种严重错误的行为（formal act of correction）[16]。后来又更多枢机和主教公开联名表示支持四位主教，呼吁教宗澄清问题[14]。

2016年10月28日，方济各将伯克枢机从 Vatican’s Congregation for Divine Worship名单中删除，这是一个萨拉枢机负责礼仪问题的机构，一同撤职的还有数位保守派枢机。[13]

===个人立场===

柏克说，如果天主教徒不愿意站出来维护教会的传统教导，“我们就不配被称为天主教徒。”[10]

政治：在2004年总统选举期间，伯克说，他不会给John Kerry或其他天主教徒政客投票，因为他公开支持堕胎合法。他还写了一封信，让天主教徒不应该投票支持堕胎或其他“反生命”做法的政治家。在2008年9月的一次采访中，伯克说，“民主党冒着将自己明确地转变为”死亡党“的风险，因为它对生物伦理问题做出了选择，特别是选择性堕胎。2009年3月，伯克呼吁美国主教拒绝给支持堕胎合法的天主教政客领圣体圣事。

礼仪：在2007年7月牧函中“Summorum Pontificum”，教皇本笃十六世授权更广泛地使用旧的脱利腾弥撒。恢复传统弥撒的某些部分得到了伯克的大力支持，作为“改革的改革”的一部分，改变了他认为教宗保禄六世引入的礼仪的缺陷。[19]另外，伯克枢机热衷于身穿梵二前的传统服饰主教大礼服（Cappa magna）。

反律法主义：2012年主教会议集中于“新的福音化”。伯克在书面评论中对批判“反律法主义” - 这种信念是，恩典使基督徒免于服从道德法律，指出它是“当今社会最严重的创伤”，并且负责“内在的邪恶 “行动，如堕胎，胚胎干细胞研究，安乐死和同性婚姻。[20]

性道德：伯克断言，「除了神──我们的造物主和拯救者──设计的人类性行为外，那些想要重新定义婚姻和家庭生活，包括两个同性之间非自然的性行为，都是违背神的旨意」。伯克在其评论中称表示当权者不断推进「反生命」及「反家庭」的议程。这些是给世界带来灾难的部份原因。[5]

伯克在其评论中称，文化已经“彻底世俗化”，并表示当权者不断推进“反生命”及“反家庭”的议程。伯克称为已婚男女之间的性行为是“西方文化的根本”，并提醒人们提防“害怕生命、害怕生育的避孕想法”。伯克引用教宗本笃十六世的话，谴责自私的性解放及性自由，称其为“专横败坏人类的迹象，导致对自由致命性的误解，这实际上虚弱了自由，并造成了破坏”。

“人类的骄傲使其不能认识到他是谁，他来自于神，是神创造了我们，我们祖先犯罪后拯救了我们，”他补充说。伯克的大部分评论都会转向牺牲，他认为这忠实于基督的教导。他认为文化“普遍地敌对”，在人类性行为上，对基督教信仰“冷漠”，这“诱使我们走向沮丧”。

伯克强调说。许多天主教徒视伯克为罗马天主教内文化与神学保守派的声音。他用严厉的语言，谴责爱尔兰近期对同性婚姻的公投，甚至称异教徒“都从不敢称其这是婚姻”。他曾公开表示，天主教永远会谈及堕胎和“一男一女之间的婚姻”。伯克在结束评论时说道，没有教义“能够让人真正快乐，只有十字架，以及复活的基督的荣耀”能够给那些“真心的信徒”平安，以及“他生命的拯救”。[9]

堕胎：他在2004年就表示不会给当时的民主党总统候选人、天主教徒凯瑞（John Kerry）做弥撒，因为凯瑞支持堕胎。在2007年，柏克也表示，他对共和党总统候选人、前纽约市市长朱利安尼（Rudy Giuliani）的态度也是一样。[10]2007年柏克担任董事的天主教医院，邀请另一个支持妇女堕胎选择权的葛莱美奖女歌手雪瑞儿可洛（Sheryl Crow），帮忙为病童募款，那时柏克气得辞去董事，严词批评决策同僚。[7]并且她还支持胚胎干细胞研究。

2008年1月，他坚持让圣路易斯大学（Saint Louis University）——该校是一所天主教大学 ，对其支持堕胎的篮球教练进行管教。[10]

2009年5月8日，美国圣母大学向左派新任总统奥巴马发出邀请，希望他能在5月17日应届毕业典礼上讲话，并将授予他荣誉博士。这份邀请引来了天主教界的争议。原因是奥巴马支持堕胎、支持用胚胎干细胞做研究。他还推翻了不许用联邦经费国际援助其他国家堕胎的政策。他同时支持禁止州政府和地方政府介入妇女堕胎权利。柏克指责奥巴马总统推行反生命、反家庭政策，并认为圣母大学（Notre Dame）邀请奥巴马担任毕业典礼演讲是天主教界的“丑闻”。柏克认为，在道德下滑的今天，天主教大学更不应该随波逐流，给“公开教导反道德法”的人一个讲话的平台，更不应该给他们荣耀。

并称，支持堕胎的前堪萨斯州州长、天主教徒赛贝里斯（Kathleen Sebelius）出任美国联邦健康及人类服务部部长（Health & Human Services）是“最令天主教界难堪事”[10]。

他坚信，支持堕胎选择权，就是反对生命与家庭价值（anti-life，anti-family）；同性恋、同性婚姻、避孕、女性担任神职人员等现代信徒需求，同样没有妥协空间。[7]

另一个公开支持妇女堕胎选择权（Pro-choice）的前国务卿凯瑞（John Kerry）是天主教徒，过去担任麻州联邦参议员期间，担任圣路易教区总主教（Archbishop Raymind Burke of St. Louis）的柏克，就曾公开谴责凯瑞，拒绝让他领圣体。[7]

安乐死：2011年7月23日，由圣吉安娜医生协会主办的临终关怀会议上，伯克说，痛苦不会导致一个人在他的生活中没有什么意义，也不会给予政府权利 决定这个人是否应该生活或死亡：“无论生命如何减少，无论这个人正在经历什么样的痛苦，生活都需要最大的尊重和关怀。因为它以某种方式吸取生命是不正确的 负担沉重“。[21]

女性在教会：在2015年1月，伯克接受了一次采访，他批评了他认为“激进女权主义”在教会中的过度作用。他特别批评了引入女性辅祭作为教会的“女性化”是一个不受欢迎的迹象。[18]

伊斯兰教：伯克枢机说“毫无疑问，伊斯兰教想要统治世界”，而西方社会应该回到他们的基督教根源。