苦难并没有离开牛顿。当时间的脚步进入十七世纪末，忽然有些基督徒自称是上帝派来的先知，到处呼喊「世界末日就要来了」。

这波「世界末日说」传自法国，Cevennes。野火般的烧遍英国各大城。许多人起来附和，声称看到异象：有一艘满载鲜血的船在英国大街上飞过；有人说看到许多人浴血倒卧沙滩边，说这是上帝要来审判的先兆。

短时间内成千上万的贩夫走卒跟随末世先知，连皇家科学院的一些优秀科学家也趋之若鹜，因为一名优秀的科学家，也可能因著对宗教的无知，而陷入异端的泥沼。

牛顿本人是基督徒，他长期的研究圣经但以理书与启示录，相信圣经里提到的这个世界有结束的一 天，那是基督耶稣要来审判的时候，但是没有人知道那是哪一天，而且面对末世正确的态度，应该是感恩，多于恐惧，坦然多于逃避。因此他不赞同这些到处宣传末世的先知。他认为敬虔的信仰是在热忱中带著节制而非放纵，真正的被圣灵充满，是由上帝的灵主动，而不是出于自称先知者近乎催眠与暗示的教导。

牛顿对这批先知的反对，立刻引来许多偏激基督徒苦毒的批评与责骂。这种误解实在伤透牛顿的心。 牛顿的一生中有一段漫长的信仰动摇期（1698~1707年）就是在这个时候。

对基督徒而言，来自其他基督徒无情的咒诅，比被一般人伤害更难受。伤害容易使人走向极端，后来许多人要证明牛顿是无神论者或不可知论者，就是引自牛顿这段时期的言行。不过信仰的成长，本来就不是一帆风顺的，难免常经忧患。

一七○七年英国国王下令，这批所谓的先知，已经利用宗教得到太多不法利益，便把他们送入伦敦监狱。世界的末日尚未来到，他们的末日倒先来到。自此，末世之风才逐渐平息。