时间往往是最佳的疗伤剂。牛顿从苦境中转回，他的信仰又逐渐坚固，并且能区分信仰的真实与偏激，能够分别顺服在圣经真理前与在人话语前的不同，且重新思索物理、数学与光学。他在再版的《原理》上写著：「让人知道我是带著对神的信仰来完成这浩大的工作，是我出版这本书最大的喜悦。」

牛顿晚年名满欧洲，贡献普获肯定。他老年最大的乐趣就是跟小孩玩耍。有一天他对他的小侄儿讲：「我不知道这个世界将来怎么看我，对我而言，我只像海滩边玩耍的男孩，偶然间发现了一粒比较圆的石头，和一粒比较漂亮的贝壳，就觉得很愉快，但是在我前面，尚未被发现的石头、贝壳仍然多如大海。」

牛顿死于1727年3月20日，晚年写下：

「不管任何环境下，要守住耶稣基督救赎的真理与最大诫命------爱人如己。」