一六七二年牛顿加入英国皇家科学协会------全国最高的科学研究协会。〈原理〉的出版，对全欧洲的科学界是一大震憾，引来称赞也招来攻击。虽然如此，牛顿仍在皇家科学会里提出「星球运转椭圆轨道的原理」（1676~1677年），与「万有引力的数学证明」（1680~1684年）。牛顿的学生艾斯顿后来写道：「牛顿讲话慎重、缓慢。他尽量避免意气之争，不见利忘义，不奉承人，宁愿默默忍受侮辱，也不愿披挂著一身的装甲去与人争战。牛顿说。「一个人如果控制不了自巳的脾气，脾气将控制你。」引导牛顿一生的，是信仰而非起伏不定的脾气。」

牛顿并非是科学研究上的常胜军。他从一六六九年至一六九一年长期研究实验化学，也没有获得什么发现，不过因此结识了有「近代化学之父」之称的波义耳，两人通信长达十六年。

年长敬虔的波义耳，不仅帮助牛顿研究工作，而且在牛顿遭受猛烈抨击的时候，他的榜样更坚固了牛顿的信仰。

牛顿身为一个杰出的科学家，喜欢公开表白自己的信仰，又有个不擅与人交际、喜爱独自安静工作的个性，现实的社会对像他这种善良、单纯的人，有时是非常残酷的。

当时宗教分子攻击他有一流的科学，却有三流的神学；科学分子攻击他有一流的神学，却有三流的科学；政治分子攻击他的科学、神学、人际关系都属三流；有人看他孝顺母亲又终身未婚，就中伤他心理不健全，现今还有人说牛顿有恋母情结；有人看他对学生好，就说他有同性恋。这种种无情的攻击搞得牛顿几乎发疯。一六九二年，日内瓦来的拜特教授大力抨击牛顿，谑称他是「伦敦先知」，说：「牛顿的万有引力定律是来自对宗教的默想，而非科学的发现，------他必须撇清，如果这是科学就不要写到上帝如何如何，如果是与上帝有关的就不要放入科学范畴。」

拜特一开炮，许多人就群起围攻牛顿。平常没有想到防备的牛顿几乎赤裸裸地站在科学的刑场上，接受无情的攻击。一六九三年九月三十日牛顿写下：「我陷在极端的难过中。过去十二个月，我无心进食也无法安稳地入睡，我心动摇，无法思想。」

无情攻击持续下去，一六九四年有人黑函中伤牛顿与女人搞性关系；一六九五年牛顿几乎精神失常，各地都传闻牛顿死了。牛顿百口莫辩，更退出人群；他写道：「史宾赛著的《希伯来律法》一书成为我困难中的安慰」

在英国国王出面，任命他为「英国皇家协会会长」后，这些攻击就突然消失了。

牛顿在以后数十年，根据过去两年半受中伤的经验，坚持给科学界建立「诚实的体系」而他本身就是最好的模范。

成为一个诚实的科学家，是波义耳在死前（1691年）给牛顿及以后所有科学家最好的劝导，波义耳写道：「我老了，这该是我将所知的化学知识写下来的时候了。这些知识，有的是经过多年的实验；有的是与别人仔细讨论而得。我认为是确实的，就尽力写下来；有些是困难不易明白的，我尽可能写清楚，好让后来的人能够仔细判断。我把每个研究细节一一写下，透过真实无伪的记载，将知识有效地传递下去。

但是，尽管我尽了所有的努力，我仍无法窥得知识的全貌。现今，我把一生的成果放在你们的手中，愿你们像监赏家监定艺术品一般。在那一刻，是我呈现对人类与化学深爱的献礼。」